Keskusarkiston toiminnasta vastaa Suomen Elinkeinoelämän Keskusarkiston säätiö -Stiftelsen för Centralarkivet för Finlands näringsliv. Säätiön jäseniä ovat:
Säätiön toimintaa valvoo valtuuskunta, jonka puheenjohtajana toimii tällä hetkellä johtaja Eeva-Liisa Inkeroinen Teknologiateollisuudesta.
Säätiön asioita ja sen omaisuutta hoitaa, sitä edustaa ja sen tarkoituksen toteuttamisesta vastaa säätiön hallitus, jonka puheenjohtajana toimii tällä hetkellä Kone Oyj:n hallituksen puheenjohtaja Antti Herlin.
Arkiston päivittäistä toimintaa johtaa arkistonjohtaja, joka samalla toimii säätiön asiamiehenä.